Dolphin был впервые выпущен в 2003 г. как экспериментальный эмулятор Nintendo Gamecube, позволяющий запускать и выполнять коммерческие игры. Однако, у него были проблемы с производительностью, на многих играх происходили аварийные завершения эмулятора, некоторые игры вообще не загружались. Изображение обновлялось со скоростью от 2 до 20 кадров в секунду. Эмуляция звука отсутствовала.
В 2004 г. разработчики выпустили финальную версию 1.01, и была официально прекращена разработка Dolphin. Но в 2005 г. разработчики решили восстановить проект, затем в 2007 г. была выпущена версия 1.03 с незначительными исправлениями и с ограниченной поддержкой звука.

Настоящее время Dolphin стал проектом с открытым исходным кодом 13 июля 2008, когда разработчики опубликовали исходный код на Google Code под GPLv2. В это время была реализована эмуляция Wii. После открытия исходного кода множество разработчиков присоединилось к проекту. К апрелю 2009 в большинство коммерческих Gamecube и Wii игр можно было полноценно играть с несколькими незначительными проблемами. При этом многие игры работали отлично. Благодаря множеству исправлений, скорость эмуляции улучшилась настолько существенно, что скорость выполнения игр на некоторых персональных компьютерах стала выше, чем на самих консолях Gamecube и Wii. Существенно улучшилась эмуляция звука. Графика почти полностью соответствовала оригинальной на консолях. В конце 2009 было включено множество новых полезных функций в эмулятор. Например, автоматический пропуск кадров, увеличивающий производительность и стабильность эмулятора. Также была улучшена функция сетевой игры, позволяющая пользователям играть в игры GameCube и Wii с друзьями в онлайне. Был переделан графический интерфейс Dolphin. Плагин DirectX после большого развития стал быстрее, чем ранее используемый плагин OpenGL. К концу ноября 2010 разработчики устранили многие звуковые проблемы, добавлена совместимость с большим количеством игр, увеличена скорость и точность эмуляции.